TVシリーズ化もされた人気カードゲーム?コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第3弾。カードバトル?デュエルによってネオ童実野シティを守っている不動遊星は、世界の破滅を目論む未來から來た謎の男?パラドックスに自分のエースモンスターであるスターダスト?ドラゴンを奪われてしまう。遊星は時空を超え、カードの精霊の力を使うことができる遊城十代を訪ね、そこで事件の真相を知る。2人は伝説のデュエリスト?武藤遊戯と力を合わせ、パラドックスとの壯絶なデュエルに向かう。